在協(xié)議中，確定了彼此遣返交接地點：雙方商定為馬尾—馬祖（馬祖—馬尾），但依被遣返人員的原居地分布情況及氣候、海象等因素，雙方得協(xié)議另擇廈門—金門（金門—廈門）。
協(xié)議規(guī)范了遣返程序：（一）一方應將被遣返人員的有關(guān)資料通知對方，對方應于二十日內(nèi)核查答復，并按商定時間、地點遣返交接。如核查對象有疑問者，亦應通知對方以便復查。（二）遣返交接雙方均用紅十字專用船，并用民用船只在約定地點引導。遣返船、引導船均懸掛白底紅十字旗（不掛其它旗幟，不使用其他的標志）。（三）遣返交接時，應由雙方事先約定的代表二方簽署交接見證書。
9月12日上午，雙方達成協(xié)議。9月19日10時，陳長文在臺北召開發(fā)布會，對外公布了兩岸商談達成的協(xié)議。新華社也在同一時間發(fā)布了《海峽兩岸紅十字會組織在金門商談達成有關(guān)海上遣返協(xié)議》。
這是1949年后兩岸民間團體受權(quán)簽訂的第一個書面協(xié)議，是兩岸民間團體以事務(wù)性商談的方式解決法律事務(wù)問題的有益嘗試，堪稱兩岸協(xié)商的“破冰”。同年10月8日，第一批55名偷渡人員從馬祖順利遣返至馬尾。從某種意義上說，早在1990年，兩岸間實現(xiàn)了直航。
尾聲：新竹收容所走入歷史
這里不得不提“靖廬”，也就是新竹收容所。它原是1917年為紀念日本皇族北白川宮能久親王而建。1957年在此設(shè)立“新竹警備分區(qū)指揮部”，之后由臺灣入出境管理部門接收，成立了“大陸地區(qū)人民處理中心”。大陸偷渡客根據(jù)《金門協(xié)議》被遣返前，最后一站就是這“靖廬”。
時光荏苒。隨著兩岸經(jīng)濟社會發(fā)生劇變，大陸偷渡客日漸減少，于是收容所主要收容外籍偷渡者。這幾年，就連外籍偷渡者也減少了。
今年10月25日，成立于1992年的新竹收容所熄燈吹號，關(guān)門歇業(yè)，走入歷史。它從側(cè)面也反映了這20多年來，兩岸實力的此長彼消。
