1950年3月17日，蔣擢升孫為陸軍總司令兼陸軍訓(xùn)練司令，三天后又加臺灣防衛(wèi)總司令，并許諾未來晉升其為三軍總參謀長。一時間，孫立人成了蔣身邊炙手可熱的人物。但就在孫立人就任陸軍總司令的同時，掌控臺灣情治機關(guān)的蔣經(jīng)國已經(jīng)在蔣介石的授意下，將特務(wù)網(wǎng)絡(luò)滲透至陸軍總司令部。

　　 3月23日，就在孫立人被任命為陸軍總司令不到一周時間后，他的英文秘書黃正，以及黃正的姐姐陸軍訓(xùn)練總部干部黃玨，便被蔣經(jīng)國以莫須有的“泄露軍機”罪名逮捕，判刑十年。接著，孫立人的舊部屬李鴻、陳鳴人、彭克立等人也以“匪諜”罪被拘捕。

　　 6月底，朝鮮戰(zhàn)爭爆發(fā)，美第七艦隊協(xié)防臺灣。這對岌岌可危的蔣介石來說，無疑是打了一劑強心針，臺灣安全可保，孫立人的作用大加削弱。

　　 1951年3月27日，蔣介石正式派遣蔣經(jīng)國進(jìn)駐陸軍總司令部，組建陸軍總司令部政治部，這等同于給孫立人派了一個監(jiān)軍。孫立人處處為蔣經(jīng)國掣肘，成了有名無實的陸軍總司令。

　　 孫立人長期接受美式教育，而且個性孤高自傲，一貫不恥官場的相互傾軋、阿諛逢迎，對于蔣經(jīng)國的政工系統(tǒng)就更為厭惡。而且作為一個職業(yè)軍人，孫并沒有太多的政治權(quán)謀，不善協(xié)調(diào)各方關(guān)系，胸?zé)o城府，這也使他與蔣經(jīng)國及黃埔系將領(lǐng)關(guān)系日漸緊張。江南（劉宜良）在《蔣經(jīng)國傳》中提到：“孫是個非常優(yōu)秀的帶兵官，但是位很壞的領(lǐng)袖。講人際關(guān)系，他和他的同僚幾乎沒有人可以合得來。任陸軍總司令期間，每周軍事匯報，從來未準(zhǔn)時出席，其理由非?？尚Γ核辉赶蛑苤寥峥傞L敬禮，遲到即可避免，因為總統(tǒng)已經(jīng)在場。”甚至連蔣經(jīng)國向他拜年，他都不見。

　　郭案牽連 終遭罷黜

　　 及至1954年，“美臺共同防御條約”簽署，臺灣被正式納入美國在遠(yuǎn)東的防衛(wèi)圈中，臺灣的安全得到極大的鞏固。對于蔣介石來說，此刻的孫立人不但沒有任何用處，相反還是威脅，盡管孫已經(jīng)沒有什么實權(quán)了。

　　 這一年6月，孫立人被調(diào)任“總統(tǒng)府”參軍長，明升實貶，徹底被解除了兵權(quán)。然而這還并不意味著結(jié)束，一場更大的陰謀正在醞釀當(dāng)中。

　　 1955年5月25日，在蔣的授意下，毛人鳳將孫的舊部、步兵學(xué)校少校教官郭廷亮以“匪諜”為名逮捕，由此拉開又一撥整肅高潮，一周之后，臺灣南部又爆發(fā)了所謂“兵諫案”。不到一個月的時間內(nèi)，被拘捕的孫立人的舊部達(dá)到300多人，意在通過這些下屬來尋找打擊孫立人的突破口。

　　 郭廷亮被捕4天后，蔣介石還故作無事地召見孫立人，據(jù)孫回憶：